Severine Masson

Doctorante en Physiologie et Biologie des organismes, spécialité populations interactions

Salmo Trutta

2014

A la fin de mon master 2, j’ai entamé une thèse de trois ans au pôle d’Hydrobiologie de l’INRA de Saint-Pée sur Nivelle dans l’unité mixte de recherche « Ecologie comportementale et biologie des populations de poissons ».

Contexte

La dispersion, caractérisée par les mouvements d’individus dans l’espace et dans le temps, conduit à la production d’un flux de gènes et permet la connectivité des populations. Comprendre les facteurs qui façonnent les flux de gènes et la structuration des populations est d’une importance capitale pour améliorer les pratiques de gestion et de conservation des espèces. Celles caractérisées par une anadromie facultative, telles que la truite commune (Salmo trutta L.), sont des modèles de choix pour étudier le rôle de la diversité écotypique et comportementale, sous l’effet des activités anthropiques, sur le fonctionnement des populations.

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Résultats

En utilisant la génétique des populations cette thèse s’est proposée d’analyser la structuration des populations de la truite commune dans le fond du Golfe de Gascogne mais également de déterminer l’influence combinée de la dispersion de la truite de mer, de son comportement reproducteur et des activités anthropiques (repeuplements, transport de reproducteur) sur leur fonctionnement. Cette thèse a abordé également la contribution des populations de truites communes (via leur origine natale) au stock de truites de mer capturées par la pêche professionnelle, sur le même site d’étude, en couplant de la génétique des populations et de la microchimie des otolithes. Nos résultats ont montré une structuration génétique forte des populations de truite commune avec la présence de sept populations distinctes dans le bassin de l’Adour. Ceci semble être en partie expliqué par un comportement marqué de fidélité au site de naissance des truites de mer, couplé à un mouvement directionnel de celles-ci du sud (Espagne) vers le nord qui ne semble pas résulter en une dispersion effective (i.e. mouvement suivi d’une reproduction). En outre, les repeuplements récents, semblent impacter faiblement la structuration génétique des populations sauvages. Certains flux de gènes détectés localement semblent être dus à d’autres activités anthropiques, telles que le transport de reproducteurs. Les truites de mer capturées par la pêche professionnelle proviennent majoritairement de la population du Gave d’Oloron et peu des populations des Nives et du Gave de Pau. La raison pourrait se trouver en premier lieu dans le fait que le Gave de Pau est fortement impacté par la présence de barrières à la migration et en second lieu dans les différences phénotypiques (taille plus petite) présentées par les truites de mer des Nives, par rapport à celle des Gaves. Ceci suggère donc une différenciation de cette population et peut expliquer que la pêche professionnelle les capture dans une moindre proportion.

 

Cette thèse a d’autre part pu démontrer les difficultés dans l’assignation d’une origine natale via la génétique lorsque les signatures génétiques sont relativement proches. Elle confirme l’utilité d’un couplage génétique des populations – microchimie des otolithes pour assigner des individus à leur origine natale à une échelle plus fine que le bassin. Les résultats obtenus au cours des trois années de thèse ont permis la détermination de populations génétiquement distinctes dont l’une contribue très largement à l’activité de pêche professionnelle. Ces populations peuvent être considérées comme de potentielles unités de gestion qui pourront servir de base à l‘élaboration de plans de gestion et de conservation. La meilleure compréhension de la biologie et du fonctionnement de la truite commune, et de l’impact des activités anthropiques sur la structuration des populations, acquise lors de cette thèse, pourra également permettre d’améliorer la prise de décisions des gestionnaires locaux pour la conservation et la gestion des populations de truites communes.

Travail effectué

J’ai pu étayer les compétences en génétique des populations acquisent au cours de mon cursus universitaire en utilisant d’autres méthodes statistiques et analytiques pour analyser mes résultats par l’utilisation des logiciels tel que R, BayesAss, Migrate, Qgis. J’ai également eut l’occasion d’ouvrir et développer mon domaine de compétences expérimentales, analytiques et statistiques par le travail que j’ai effectué en microchimie des otolithes domaine complémentaire à la génétique des populations. Ce stage m’a permis également de m’initier au domaine de la scalimétrie.

Enseignement

Durant ma deuxième année de doctorat j’ai pu effectuer une mission d’enseignement, d’un volume horaire de 64 heures, à l’Université de Pau et des Pays de l’Adour. Mon activité d’enseignement s’est divisée en cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques allant de la première année de licence à la première année de master. Les domaines d’enseignements portaient sur la «génétique moléculaire », « la microévolution », « l’Ecologie, l’évolution et l’environnement ».

Marqueurs microsatellites - Microchimie - Otolithe - Repeuplement - Transport de reproducteurs - Dispersion efficace - Pêche professionnelle - Structure génétique - Assignation - Homing - Vagabondage - Flux de gènes - Salmo trutta -

Severine Masson

Doctorante en Physiologie et Biologie des organismes, spécialité populations interactions

2011

Biodiversité du milieu marin littoral à Roscoff

Durant l’année de ma licence j’ai eu l’occasion d’effectuer un stage de terrain à la station de Biologie marine de Roscoff encadrée par l’Université Paris Diderot.

Metazoaires - Algues - Systématique - Milieu interdidal - Biodiversité - Évolution -

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